Si racconta che l’antico nucleo sia stato eretto nel 608 da un certo Bernardo Montesperelli. Nel 997 Ottone III lo confermò all’abbazia di Campoleone, attuale Capolona vicino ad Arezzo, per volere di Ugo, abate e marchese di Toscana, figlio della contessa Wilma. Ugo, pur essendo abate, aveva sposato Giuditta nipote dell’imperatore poiché, all’epoca, tra i Franchi era permesso il matrimonio per secolarizzare i feudi ecclesiastici.
Montesperello appartenne al contado di porta Santa Susanna e nell’elenco del 1282 era citato come villa con 30 abitanti.
Nel 1361 vi si rifugiò con i suoi seguaci Averardo II Montesperelli, capitano dei nobili perugini, colui che neI 1343 si era recato come ambasciatore di Perugia a Firenze insieme a Orlandum d. Nini jurperitum e Cecchum d. Peronis de Micheloctis.
Il castello fu attaccato e raso al suolo nel 1380:
da quel momento, fino al 1438, sarà chiamato nuovamente con il termine di villa. Nel 1402 milizie papali saccheggiarono e devastarono la località che per la sua posizione era considerata di primaria importanza; i perugini, però, lo riconquistarono subito dopo.
I Montesperelli, intanto, si erano rifugiati a Perugia in un’abitazione nella parrocchia di Santa Lucia. Il 20 agosto 1433 venivano allibrati i fratelli Averardo III, Nereo, Periteo e Giulio di Guidone di Paolo de nobilibus Monte Sperello per 1.097 libbre.
Il castello nel 1439 fu ricostruito sebbene non contasse più di 15 abitanti; Perugia, infatti, teneva particolarmente a questo caposaldo per la sua importanza strategica. Nel 1456 era chiamato loctus per cui si deduce che non fossero ancora terminate le opere difensive.
1117 giugno 1479 vi si accarnpò con tutta la guarnigione Roberto Malatesta (1440-82) detto il Magnifico  figlio illegittimo di Sigismondo Pandolfo (1417-68), signore di Rimini e generale delle truppe pontificie; la permanenza durò pochi giorni poiché il 28 giugno irruppero in massa milizie fiorentine che, dopo la conquista di ben 23 castelli sul Trasimeno, attaccarono Montesperello sgominando completamente i pontifici.
Notevolmente rovinato da quest’ultima battaglia, nel 1495 verrà ricostruito da Averardo IV secondo precisi schemi difensivi e riacquisterà la dignità e la funzione di castello; nel 1501 contava già 50 residenti. Averardo IV, nel 1496, occupò la carica di pretore di Fabriano. Il castello è stato per secoli feudo della famiglia Montesperelli alla quale sono appartenuti giureconsulti, uomini di studio, savi del Collegio del Cambio, priori, podestà e giudici.
Giovanni I, podestà di Pisa, costruì la rocca di Torricella, presso Magione; Ceccolo di Averardo I, caduto a Montecatini nel 1315; Neri, congiurò per consegnare Perugia nelle mani di Barnabò Visconti (t 1385): nell’estate del 1368 la congiura fu scoperta e il Governo popolare lo mandò al patibolo; Averardo V, poeta e scrittore; Zopiro, uomo politico.
Nell’Ottocento Montesperello apparteneva a Luigi Massini (1820-96) uno degli uomini più facoltosi del lago Trasimeno; passò poi a Giovanni Battista Piceller, notaio, suocero di Aurelio Angeletti (1832-67), sindaco di Magione, che ne aveva sposato la figlia Prassede. Alla morte di Aurelio, Prassede era considerata una delle più ricche proprietarie terriere della zona. Agli Angeletti subentrarono prima il Renzoni, direttore della Fiera di Milano, e poi i Bartoccioni di Magione.
L’aspetto attuale di villa residenziale è ben diverso dall’antica costruzione che all’interno accoglieva anche un ospedale per i poveri. All’esterno una ripida discesa, fiancheggiata dai resti di una villa romana, conduce alla chiesa di San Cristoforo.
Attualmente è proprietaria del castello la famiglia Pesciarelli di Magione. aveva ancora una struttura sociale tipicamente feudale